И. о. руководителя-первый заместитель руководителя

Байкалов Александр Михайлович

- Общее руководство учреждением
- Финансово-экономическая служба
- Служба безопасности и контроля
- Служба управления персоналом и организации труда
- Отдел мобилизационной подготовки и гражданской обороны
- Режимно-секретное подразделение
- Служба содержания и ремонта объектов инфраструктуры
- Юридическая служба
- Отдел по диспетчерскому регулированию движения судов

Первый заместитель руководителя – капитан Байкало-Ангарского бассейна внутренних водных путей

Черных Иван Степанович

- Отдел регистрации судов
- Отдел дипломирования и аттестации
- Служба государственного портового контроля

Заместитель руководителя по техническому флоту и пути

- Служба судового хозяйства
- Служба пути
- Отдел картографии
- Производственно-хозяйственный отдел

Главный бухгалтер

Сатина Светлана Викторовна

- Служба бухгалтерского учета и отчетности